Oddělení interního auditu  zabezpečuje nezávislé a objektivní ověřování, přezkoumávání a vyhodnocování stavu systémů, procesů, kontrolních a řídicích mechanismů úřadu v souladu se zákonem č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole a pomáhá v ERÚ udržovat efektivní vnitřní kontrolní systém a podporuje jeho neustálé zdokonalování.